故事講述未意識到自己曾經是「救世主」的Neo,腦中不斷浮現和戰友對抗Matrix的記憶,只好向心理治療師尋求協助(Neil Patrick Harris飾演),但一直被安排服用藍色藥丸。直至遇上舊愛Trinity,感覺兩人似曾相識。後來Morpheus找到Neo,並給予紅色藥丸,再次回到首部曲的選擇題中,不知今集失憶的Neo選擇如何?回顧Matrix最初的起源,當時是20世紀末,擁有AI機器人和人類展開了一場大戰,最後人類以失敗告終,而且機器人還利用晶片,控制了人類的大腦和神經中樞,讓人類的意識混沌,讓他們覺得自己還生活在正常的世界,而模擬和控制人類腦中世界的系統就叫Matrix。